A través de los años, Pro-Búsqueda ha venido consolidando y ampliando una red de apoyo de organizaciones nacionales e internacionales con el fin de dar a conocer públicamente el fenómeno de la desaparición forzada de niñas y niños durante el conflicto armado en El Salvador, incidir sobre las políticas de impunidad del Estado salvadoreño y fortalecer las acciones para localizar a los desaparecidos y obtener justicia.
A nivel nacional, trabaja con las organizaciones de derechos humanos reunidas en la Comisión de Trabajo Pro-Memoria Histórica de El Salvador: la oficina de Tutela Legal del Arzobispado de San Salvador (enlace), COMADRES, CODEFAM, COMAFAC, el Centro para la Promoción de los Derechos Humanos “Madeleine Lagadec” y FESPAD (enlace). Asimismo nos relacionamos con otras organizaciones como Las Mujeres por la Dignidad y la Vida “Las Dignas” (enlace), y el Movimiento de Mujeres Mélida Anaya Montes “Las Melidas” (enlace). Pro-Búsqueda también ha trabajado con otras organizaciones amigas de Guatemala tales como La Liga de Higiene Mental (enlace), la Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado de Guatemala (ODHAG) (enlace) y el Grupo de Apoyo Mutuo (GAM) (enlace), entre otras.
También, a través de relaciones con organizaciones hermanas, Pro-Búsqueda ha podido crear un banco de perfiles genéticos, herramienta indispensable en el proceso de reunificación de las familias, gracias al apoyo de varios grupos de los Estados Unidos como: Médicos para los Derechos Humanos (Boston) (enlace), el Centro de Derechos Humanos de la Universidad de Berkeley, California, (http://www.hrcberkeley.org) y el Departamento de Justicia de California (enlace), quienes permiten el uso de su laboratorio para trabajar con las pruebas de ADN de Pro-Búsqueda.
Pro-Búsqueda ha recibido apoyo del Centro por la Justicia y Derecho Internacional (CEJIL), FEDEFAM, Barco de la Paz, Abuelas de Plaza de Mayo y Fundación por la Justicia de Valencia.
La Asociación fundada por el padre Jon Cortina ha recibido apoyo financiero de diversas agencias de cooperación, entre ellas TROCAIRE, Entrepueblos, Pan Para el Mundo, la Embajada de los Países Bajos, Tierra de Hombres (TDH), Entre Culturas, DIAKONIA Suecia y la Federación Luterana del Mundial.
Los esfuerzos de Pro-Búsqueda han sido reconocidos alrededor del mundo, por diversas organizaciones entre ellas, Amnistía Internacional (http://www.amnesty.org/es). Asimismo, organismos de Naciones Unidas como el Comité de Derechos del Niño (http://www2.ohchr.org/spanish/bodies/crc/), el Comité de Derechos Humanos (http://www2.ohchr.org/spanish/bodies/hrc/) y el Grupo de Trabajo para las Desapariciones Forzadas o Involuntarias (http://www.ohchr.org/SP/Issues/Disappearances/Pages/DisappearancesIndex.aspx) han incluido en sus informes el trabajo de Pro-Búsqueda a favor de la niñez desaparecida.